Pandora Tomorrow tiene lugar en Indonesia durante la primavera de 2006, en la que los Estados Unidos han establecido una fuerte presencia militar en el recientemente independiente país de Timor Oriental para entrenar a las fuerzas militares de ese país en su lucha contra las anti-separatistas milicias guerrilleras indonesias . La más importante de estas milicias es el Darah Dan Doa (Sangre y Oración), dirigida por Suhadi Sadono.

Sam Fisher, es enviado a destruir documentación ultra secreta que se encuentra en la embajada del líder de la milicia Suhadi Sadono. Además de descubrir planes secretos que Sadono planea realizar, uno de ellos, el Pandora Tomorrow.