Poco después de los eventos del segundo Torneo Dead or Alive, el Comité Ejecutivo del Torneo Dead or Alive tomó al líder de la secta Hajinmon del clan Mugen Tenshin, Genra, como arma humana, para crear el "luchador definitivo", como parte de Proyecto Omega.

El experimento fue un éxito, y Genra se convirtió en la monstruosa e inhumana criatura Omega. Para probar las habilidades del sujeto contra otros, DOATEC celebró el tercer Campeonato Mundial de Combate Dead or Alive para usar como campo de pruebas. El líder del clan Mugen Tenshin, Hayate, su media hermana Ayane y su amigo Ryu Hayabusa entrarán al torneo con el fin de detener a Omega.