Ubicado aproximadamente 10 años después de los eventos del Bioshock original, los pasillos de Rapture una vez más resuenan con los pecados del pasado. 

A lo largo de la costa atlántica, un monstruo ha estado arrebatando niñas y llevándolas de regreso a la ciudad submarina de Rapture. Eres el primer Big Daddy mientras viajas por la decrépita y hermosa ciudad caída, persiguiendo a un enemigo invisible en busca de respuestas y tu propia supervivencia.