Dos años después de que el comandante Shepard repeliera a los segadores invasores empeñados en destruir la vida orgánica, ha surgido un nuevo y misterioso enemigo. En los límites del espacio conocido, algo está abduciendo silenciosamente colonias humanas enteras. Ahora Shepard debe trabajar con Cerberus, una organización despiadada dedicada a la supervivencia humana a toda costa, para detener la amenaza más aterradora que la humanidad jamás haya enfrentado.

Incluso para intentar esta peligrosa misión, Shepard debe reunir al equipo más elitista de la galaxia y comandar la nave más poderosa jamás construida. Explora una galaxia masiva llena de entornos exóticos, tesoros aún no descubiertos y enemigos ocultos.