La hecatombe fue detenida oportunamente, pero las Naciones Unidas aún no se recuperan de las pérdidas humanas y materiales ocurridas en el conflicto bélico en contra del dictador Imran Zakhaev. Un nuevo tirano llamado Vladimir Makarov ha reagrupado a las tropas de la Organización Ultranacionalista Rusa, para retomar la ofensiva militar lanzada por su compatriota fallecido. Su objetivo: imponer su gobierno globalmente, con plena intención de no detenerse ante nada ni nadie.

Tras casi morir en la batalla anterior, el ahora capitán "Soap" McTavish decide guiar a su nuevo escuadrón dentro del territorio ruso, pues sabe que sólo ellos tienen la única oportunidad de contener esta peligrosa amenaza. Esta guerra no es igual a las anteriores. Es más violenta, más cruel. Es... ¡la nueva guerra moderna!