Sam Fisher, un agente de una sección de operaciones encubiertas de la Agencia de Seguridad Nacional de Estados Unidos llamada Third Echelon, equipado con lo mejor en alta tecnología disponible en el mercado, se prepara para infiltrarse en campo enemigo y neutralizarlo, todo ello sin dejar huella. Sam es enviado a la acción cuando dos agentes de la CIA desaparecen misteriosamente en Azerbaiyán.