Sarge's Heroes 2 comienza donde lo dejó su predecesor. Se anuncia que la captura del mariscal de campo Tannenberg pondrá fin a la guerra. Dado que el general Plastro ha desaparecido, se sugiere que se ha convertido en víctima de plastrificación y ha quedado atrapado en el mundo real.

El juego presenta a Bridgette Bleu, una espía de Blue Nation. Ha desarrollado un suero que revierte la plastrificación. El trabajo del jugador como Sarge y, a veces, como Vikki es destruir el suero, eliminar a los soldados Bronceados y capturar a Plastro y Tannenberg (y como Sarge a veces tiene que rescatar a Vikki, ya que tiene la habilidad de meterse en problemas).