El juego tiene lugar en Earthrealm, donde se lleva a cabo un torneo en la isla de Shang Tsung, en la que siete de sus ubicaciones sirven como etapas del juego. Shang Tsung fue desterrado a Earthrealm 500 años antes y con la ayuda del monstruoso Goro, puede tomar el control del torneo Mortal Kombat en un intento de condenar el reino.

Durante 500 años seguidos, Goro ha estado invicto en el torneo y ganó nueve torneos consecutivos. Si Goro gana de nuevo, Shao Kahn, Emperador de Outworld, podrá tomar Earthrealm. Para evitar esto, una nueva generación de guerreros debe desafiar a Goro.