En el año 199X, los extraterrestres invasores se han acercado a la Tierra, amenazando toda la vida. El destino del mundo está en manos de un pequeño grupo de personas, que solicitan la ayuda de Godzilla. Controlando al monstruo a través de un transmisor en el Super X2, deberás guiar a Godzilla a través de varias ciudades, llevándolo a luchar contra un jefe final que les espera al final de cada nivel. Los extraterrestres y los monstruos no son las únicas preocupaciones de Godzilla, ya que también se enfrentará a obstáculos más pequeños como tanques, torres de electricidad, minas y ovnis.

Los extraterrestres finalmente despliegan su arma definitiva, Bagan: un antiguo súper monstruo al que les han infundido células de Godzilla y del Rey Ghidorah para hacerlo invencible. Los humanos aprovechan la misma energía que empodera a Bagan y la infunden en Godzilla, permitiéndole convertirse temporalmente en el Super Godzilla más poderoso.