Después de un largo historial de capturas a princesas y lanzamientos desconsiderados de barriles, Donkey Kong decidió que ya era hora de sentar la cabeza en Donkey Kong Country y vivir de la gigantesca provisión de plátanos que había recogido durante años. 

La temprana jubilación de Donkey Kong se vio truncada cuando al volver un día a su casa del árbol se dio cuenta de que le habían robado toda su provisión de plátanos. El culpable era un villano llamado K. Rool, que dirigió un poderoso ejército Kremling formado por los habitantes con menos escrúpulos de la Isla DK. En ese instante, Donkey Kong supo que sus días de tranquilidad se habían acabado. Con la ayuda de Diddy, DK se pondrá en marcha para iniciar una búsqueda por los seis mundos de la Isla DK, cada uno de estos escenarios con cinco peligrosos sub-niveles custodiados por terribles enemigos.