En enero de 1990, tras el incidente de Panamá, Ryan Jackson recibe la misión de investigar las carreras de Frank Woods, Alex Mason y Jason Hudson, y revisa varios informes de misiones de 1975 a 1982, incluida una misión que involucra a un agente de la CIA no especificado.

Con una campaña dividida en 10 misiones llamadas "Operaciones", en las que podrás jugar como Frank Woods, Alex Mason y al agente desconocido de la CIA, creando una conexión entre Black Ops y Black Ops II.