Armand Bouchart, convertido en el Gran Maestre de la Orden del Temple, busca el fruto del Edén, que permite al usuario controlar las mentes de las personas y llevar a cabo las órdenes de quien lo posee. 

Altaïr tendrá que viajar a Chipre desde Tierra Santa, asesinar a Armand y a otros líderes templarios notables como Fredric el Rojo, Moloch El Toro, La Bruja, Shalim y Shaham.