Leonardo regresa de su meditación en América del Sur para encontrar a su familia en desorden y el crimen en aumento en Nueva York. Ha aparecido una figura misteriosa que se hace llamar el "Vigilante Nocturno", y un oscuro hombre rico llamado Winters parece estar confabulado con los restos del Clan Foot. ¡Solo las Tortugas Ninja pueden limpiar las calles!

Juega como Leonardo, Miguel Ángel, Rafael y Donatello, intercámbialos en el camino y usa movimientos cooperativos especiales para ayudar a tus hermanos en la batalla. Cada tortuga, al ser un ninja, puede realizar movimientos como doble salto, correr a lo largo y arriba de las paredes, agarrarse a pequeñas grietas en las paredes y saltar de una pared a otra para escalar alturas vertiginosas.