Naruto y sus amigos se enfrentarán a la pelea de sus vidas mientras buscan a Gaara, el quinto Kazekage, que ha sido secuestrado por la temida organización Akatsuki. Asume el control de más de 10 de tus ninjas favoritos, incluyendo a los miembros de Akatsuki.

Es una carrera contra el tiempo mientras Akatsuki intenta liberar al Shukaku, el demonio sellado dentro de Gaara. Utiliza las diferentes habilidades que aporta cada personaje y combina sus ataques con los tuyos para descubrir combos definitivos para derrotar a los enemigos.