Clank está en una misión. Su mejor amigo, Ratchet, ha sido capturado en prisión acusado injustamente de robar una pieza única del museo Guitaire por un enemigo despiadado. No solo eso, sino que la prisión de seguridad máxima está llena de los criminales más peligrosos del universo. Por suerte para Ratchet tiene Clank en el exterior, y afortunadamente para Clank es el tipo de robot inteligente que está tranquilo bajo presión y sabe una cosa o dos sobre el seguimiento de un enemigo misterioso. Por eso, como agente secreto Clank, buscarás pistas para desenredar el misterio y asegurar la liberación de Ratchet de la cárcel.

Con gadgets que van desde Bombas Cufflink hasta el Tie-arang y la introducción de Clank-Fu, el estilo propio de las artes marciales de Clank, el agente secreto Clank cuenta con movimientos orientados a la acción y gadgets recién actualizados para la franquicia.