Los Patapons están listos para cruzar el océano en busca del confín de la tierra y de "ESO". Desafortunadamente, su barco se rompe y pierden muchas de sus unidades.

Los Patapons encontraron una nueva tribu llamada los Karmen que tratan de detener a los Patapons en su camino hacia el confín de la tierra. Los Patapons descubrirán al héroe Patapon, un misterioso Patapon que tiene mucha fuerza debido a su máscara. Este juego se centra en los Patapons que regresan a su país, salvar a la princesa y detener a los Akumapons, los Karmen y a su líder, Ormen Karmen.