Ratchet y Clank se encuentran durante sus vacaciones en el planeta Pokitaru en donde encuentran a una niña llamada Luna, que es capturada por un grupo de robots (llamados tecnomitas).

A partir de ahí, ambos recorren cada planeta de la galaxia buscando a la niña, que en realidad forma parte de una conspiración para atrapar a Ratchet con el objetivo de crear un ejército malévolo a base de clones.