Jerusalén, 1191 d.C. La Tercera Cruzada está destrozando Tierra Santa. Envueltos en secreto y temidos por su crueldad, los Asesinos intentan detener las hostilidades reprimiendo ambos lados del conflicto. Asumiendo el papel del personaje principal Altair, entrarás al caos y darás forma a los eventos durante este momento crucial de la historia, suprimiendo los poderes tanto del lado cruzado como del sarraceno.

Pero a medida que llevas a cabo más misiones, comienza a desarrollarse una conspiración. Te encuentras enredado en un conflicto que amenaza no solo a Tierra Santa, sino al mundo entero.