Estados Unidos tiene presencia militar en dos tercios de los países del mundo. Un grupo de naciones rebeldes ya se hartó e inician un ultimátum terrorista llamado Lista Negra, una cuenta regresiva mortal de crecientes ataques terroristas contra intereses estadounidenses.

Sam Fisher es el líder de la recién formada unidad 4th Echelon, una unidad clandestina que responde únicamente ante el presidente de los Estados Unidos. Sam y su equipo deben cazar a estos terroristas por cualquier medio necesario y detener la cuenta atrás de la Lista Negra antes de que llegue a cero.