Solid Snake busca por todo el mundo a su archienemigo, Liquid Ocelot. Armado con nuevos dispositivos y habilidades, Solid Snake debe cambiar el rumbo de la guerra a su favor, utilizando el caos del campo de batalla para infiltrarse profundamente en el territorio enemigo.

En su última misión trotamundos, Snake debe infiltrarse en lugares enemigos en Medio Oriente, América del Sur y otros rincones de la tierra para frustrar los planes de Liquid Ocelot de dominar el mundo por completo.