Ambientado en una tierra arraigada en la antigua mitología persa, el Príncipe se ve atrapado en una batalla épica entre las fuerzas primordiales de la luz y la oscuridad: el Dios de la Luz, Ormazd, contra su hermano Ahriman, el destructivo Dios de las Tinieblas.

El Príncipe llega justo a tiempo para presenciar la destrucción del legendario Árbol de la Vida, un acto que amenaza con hundir al mundo entero en la oscuridad eterna. Manifestada en forma de Corrupción, una sustancia oscura que contamina físicamente la tierra y los cielos, el Príncipe debe asociarse con Elika, una compañera mortal, para sanar al mundo de la malvada Corrupción.