Varios años después de impedir la reactivación de Arfoire, Gamindustri se ha mantenido en paz sin mayores problemas. Las CPU y sus hermanas menores han estado disfrutando de sus vidas tranquilas por un tiempo... Entonces, un día, la CPU de Planeptune, Neptune, es enviada a otra dimensión.

Esta nueva dimensión se parece mucho a la suya... excepto que solo ha progresado a la Gamindustri de la década de 1980. En esta dimensión, un grupo de villanos que se hacen llamar los "Siete Sabios" intentan crear un mundo sin CPU. Con la ayuda de sus nuevos amigos, incluida la CPU de esa dimensión de Planeptune, Plutia-Neptune comienza su búsqueda para proteger a un Gamindustri totalmente diferente en su nueva aventura.