Protagonizas a Tidus, la estrella de un deporte llamado Blitzball, que vive en la ciudad de Zanarkand. Tras el ataque de un ser mitológico llamado Sinh, su ciudad es destruída y él salvado en el último momento... y llevado mil años al futuro.

En Spira, deberás convertirte en el guardián del invocador Yuna para destruir a Sinh, descubrir la verdad detrás de este y volver a tu propia línea de tiempo.