Enter the Matrix está ambientado en el universo de The Matrix, situado temporalmente tras The Matrix y durante The Matrix Reloaded. Es decir que la trama de la película The Matrix Reloaded se desarrolla la historia alterna que es representada en el videojuego. En él, los protagonistas son Niobe y Ghost, que realizarán acciones que no se han llegado a ver en las películas (por ejemplo, recoger el mensaje de la nave Osiris, llegar hasta Morfeo en la escena de la persecución de la autopista con agentes y destruir la planta térmica cerca de la Fuente de Matrix).

Un videojuego plagado de acción, disparos, golpes y una gran historia