Duke y Scarlett viajan al ártico para liberar a Heavy Duty, Ripcord y Snake Eyes del Centro de Detención M.A.R.S.

Los Joes tendrán como misión además de ir a Egipto a enfrentar a Cobra por la gema del Ojo de Apep, enfrentar enemigos en la jungla para finalmente pelear con el Comandante Cobra y Storm Shadow