Sub Rebellion te lleva al año 2139, una época en la que la tierra está cubierta de agua y las batallas se libran en el mar. Dos facciones viven en una intensa batalla y una de ellas, La Alianza, despliega el submarino de ataque experimental Chronos para cambiar el rumbo de la guerra. Al mando de este poderoso submarino, deberás explorar 20 niveles expansivos de misiones submarinas y de mar a superficie. El submarino está equipado con nuevas armas y tecnologías que te ayudan a cazar submarinos, helicópteros y barcos enemigos, además de rastrear objetos ocultos.