Fecha estelar 41153.2. Es una época de conflicto. Las principales razas están en guerra. La diplomacia está muerta, las alianzas ancestrales olvidadas y las fronteras galácticas ignoradas mientras cada raza lucha por la supremacía. 

Poderosas flotas merodean por la galaxia estableciendo puestos de avanzada y venciendo a indígenas y enemigos flotas por igual en la búsqueda del premio final: la captura de todos los mundos natales y la dominación galáctica.

Star Trek: Conquest combina la estrategia por turnos y el combate en tiempo real desde las naves espaciales que aparecen en la serie de televisión Star Trek: The Next Generation. Seis facciones jugables incluyen las fuerzas de la Federación, Klingon, Romulano, Cardassian, Dominion y Breen. El objetivo es controlar toda la galaxia, por lo que los jugadores deben construir estructuras, comisionar almirantes, investigar tecnología y administrar flotas durante una fase estratégica. Flotas de hasta siete naves se despliegan en un mapa galáctico, cuyo tamaño varía según el número de razas opuestas.