Mario y sus amigos se encuentran reunidos en el Castillo de Peach junto a la Princesa Peach, cuando son interrumpidos por los Koopalines, y Bowser.

Haciendo uso de un brazo mecánico capturan a Mario y sus amigos y los lanzan muy lejos del castillo, lo que provoca que la Princesa Peach quede sola sin protección y sea secuestrada nuevamente por Bowser. Por lo que Mario y sus amigos, una vez más, tendrán que ir en busca de la princesa cruzando mundos llenos de peligro hacía el Castillo de Peach, el cual Bowser lo ha convertido en su casa.