Ben tendrá que salvar al mundo de nuevo, pero con su Omnitrix recalibrado. El mundo será invadido por unos nuevos enemigos, los DNAlien's, pero Ben contará con la ayuda de su prima Gwen, y de Kevin, un viejo enemigo que se le unirá a Ben, ahora puede controlar sus poderes, juntos podrán detener esta invasión.

El juego nos permitirá tomar el control de personajes del equipo Alien Force. Nuestra misión será ayudar a Ben a recuperar al Omnitrix y liderar a ocho personajes jugables distintos (incluidas cinco formas alienígenas de Ben).