Las Tortugas Ninjas (Leonardo, Raphael, Michelangelo y Donatello) tienen la misión de recuperar el Life Transformer Gun de Shredder (Destructor), un dispositivo que podría devolver a su sensei Splinter a su forma humana.

El primer objetivo de las Tortugas es rescatar a su amiga reportera April O'Neil, quien está cautiva por Bebop y Rocksteady en algún lugar de la ciudad. 

Después de rescatar a April, las tortugas deben nadar bajo el agua para desarmar una serie de bombas para destruir una presa, rescatar a Splinter de la Mecha Turtle, destruir un Ratonero gigante, encontrar el Tecnódromo y finalmente derrotar a Shredder.