La historia nos ubica en un mundo post-apocalíptico, cien años después de la guerra global termonuclear, en el que la ciencia y la tecnología no existen pero la magia se ha conservado. Gracias a ello los supervivientes construyeron una torre flotante para prevenir problemas a futuro pero un malvado emperador llamado Draygon ha combinado la ciencia olvidada y la magia para conquistar la torre y al mismo tiempo el planeta entero.

Nuestro héroe criogenizado por cien años, es el encargado con la ayuda de la espada combinada Crystalis para derrotar al malvado Draygon y dar un futuro a la humanidad.