La Tierra de los Ángeles estaba gobernado por dos diosas, Palutena, la Diosa de la Luz y Medusa, la Diosa de la Oscuridad. Mientras Palutena administraba la luz y ayudaba a los mortales a cultivar la tierra, Medusa menospreciaba a los hombres y usaba la oscuridad para destruir sus cosechas y convertirlos en piedra. Enfurecida, Palutena transformó a Medusa en un horrible monstruo y la desterró al Inframundo.

Pero Medusa no se quedó de brazos cruzados. Reunió una gran hueste de monstruos y espíritus diabólicos del Inframundo para conquistar el hogar de Palutena y encarcelar a la Diosa de la Luz. Entonces Medusa tomó los Tres tesoros sagrados (el Escudo Espejo, la Flecha de la Luz y las Alas de Pegaso) y se los dio a sus esbirros más poderosos. La única esperanza de Palutena residía en Pit, un ángel que fue atrapado en el Inframundo. Pit tiene el reto de escapar del Inframundo, recuperar los Tres Tesoros Sagrados vitales para la derrota de Medusa, rescatar a Palutena y llevar la paz a la Tierra de los Ángeles.