El Mundo Champiñón es atacado por el Rey de los Koopas. Esta vez, Bowser ha enviado a sus siete hijos, conocidos como Koopalings, para hacer lo que se les antoje en cada reino robando los cetros (varitas mágicas) de los siete reyes que gobiernan en dicho mundo y convirtiéndolos en animales y plantas.

Mario y Luigi son llamados nuevamente y en cada uno de estos mundos deberán infiltrarse en las naves de los Koopalings, derrotarlos y recuper las varitas que custodian, para ello devolver a los reyes y a sus reinos.

Después de salvar el último reino, Mario y Luigi reciben una carta de Bowser con una gran sorpresa. ¡La princesa Peach ha sido raptada!