El Príncipe ha regresado a su hogar en Babilonia, donde se encuentra siendo perseguido por una criatura sobrenatural empeñada en destruirlo.

Obligado a vivir una vida a la fuga, busca el consejo de un viejo místico, quien le explica que sus acciones han engendrado una criatura conocida como Dahaka. Al salvar el palacio del Sultán de la destrucción, el Príncipe creó una grieta en la línea de tiempo. Dahaka pretende reparar este problema, poniendo fin a la vida del Príncipe.

El Príncipe rápidamente se da cuenta de que solo hay una forma posible de terminar con sus problemas: Viajar a la isla donde nació, las Arenas del Tiempo, encontrar una forma de viajar al pasado y evitar que se creen las Arenas. Zarpa hacia la isla de inmediato...