La jugabilidad de Phineas y Ferb se basa en los siete niveles de juego del juego. Dentro de estos se esconde una amplia gama de artilugios, herramientas, piezas y dispositivos que los hermanos deben recolectar para construir sus queridas montañas rusas, atracciones, pistas y máquinas, mientras evitan a su hermana Candace, que siempre busca delatarlos.

Podrás cambiar entre Phineas y Ferb a voluntad para aprovechar las habilidades especiales que se encuentran en cada uno, y el juego también presenta varios minijuegos que brindan diversión y habilidades y elementos adicionales necesarios.