Una noche en el Reino Champiñon, cinco cristales brillantes caen desde el espacio. Uno cae cerca de Mario, el cual se lo enseña y explica a sus amigos el día siguiente. De repente, Kamek sobrevuela por encima de ellos, soltando invitaciones para una fiesta en el castillo de Bowser para pedir perdón por todas sus fechorías. Involuntariamente, Donkey Kong y Diddy Kong también reciben invitaciones, aunque estos están muy lejos de Mario y los demás.

El grupo de protagonistas entra en el castillo, pero nada más llegar se dan cuenta de que era una trampa. Bowser Jr. atrapa a Mario y a sus amigos en una jaula y Bowser entonces les ataca con una varita mágica llamada "Minimizador", volviéndolos del tamaño de una pieza de ajedrez. Kamek se los lleva muy lejos y Bowser aprovecha entonces para ponerse a buscar los cinco cristales brillantes.

Desesperados por lo ocurrido, el grupo despierta en algún lugar y decide ponerse en marcha al castillo de Bowser para vengarse. El deseo de ser la Superestrella que derrote a Bowser y sus compinches causa que Mario y sus otros siete amigos se enfrenten entre ellos por conseguir el título.