La acción gira en torno a las payasadas de los cuatro adorables pero extravagantes pingüinos: Skipper, Kowalski, Cabo y Rico que se desatan para defender el zoológico contra todos los peligros.

Cada pingüino tiene sus propias habilidades y estrategias únicas que van desde la maniobrabilidad acrobática hasta la capacidad de construir artilugios y artilugios. Depende del jugador decidir cómo usar estas habilidades, así como si usarlas a través de un pingüino individual o combinar las fortalezas del equipo frente a un desafío.

Junto con los cuatro pingüinos, Los pingüinos de Madagascar también presenta personajes adicionales de la serie, incluido el lémur de cola anillada, el cómicamente egocéntrico King Julien, su flunkie aye-aye Maurice, el lémur ratón Mort, Marlene la nutria y los chimpancés Mason y Phil.