En el año 2099, el científico Walter Sloan trata de obtener el poder y la fortuna de viajar en el tiempo hasta nuestros días con el fin de utilizar sus conocimientos de la tecnología del futuro para encontrar fundar Alchemax mucho antes de tiempo.

Esto hace que en el año 2099 a cambio de una distopía donde Alchemax gobierna el mundo con puño de hierro. Miguel O'Hara / Spider-Man 2099 se da cuenta del plan y se entera de que las acciones de Sloan no sólo son responsables de los cambios en la línea de tiempo, sino que también causa la muerte de Peter Parker / Spider-Man en las manos de Anti-Venom. Miguel advierte a Peter del peligro inminente, y los dos Spider-Man deberán trabajar juntos a través del tiempo para salvar el futuro y la vida de Peter Parker.