Brain Age 2 está inspirado en el trabajo del neurocientífico japonés Dr. Ryuta Kawashima y presenta una serie de actividades rápidas de matemáticas y lectura diseñadas para "aumentar el flujo sanguíneo a la corteza prefrontal". Participas en una serie de pruebas que determinan la "edad cerebral", a menudo aprovechando las habilidades únicas de la DS escribiendo con el lápiz óptico o hablando por el micrófono. El objetivo final, después de semanas de entrenamiento, es reducir la edad del cerebro a los 20.

Idéntico al Brain Age original tanto en función como en presentación, la secuela ofrece 17 nuevas actividades como tocar sencillas melodías de piano en la pantalla táctil, descifrar varias palabras habladas simultáneamente y resolver una variedad de sudoku.