Un meteorito choca contra La Tierra, se trata de un androide mosquito (enviado por Vilgax), que empieza a extraer poco a poco el ADN y funciones del Omnitrix, dejando sólo a Fuego y Cuatrobrazos como los unicos aliens. Al despertar Ben, Gwen y Max mencionan éste extraño acontecimiento, por lo que Ben y su familia deben investigar quién está detrás de esto y poder resolver una gran amenaza a la Tierra.

Al combatir con unos robots Ben se percata que es Vilgax, quien es su mayor problema, pero al mismo tiempo se da cuenta que otros de sus enemigos como Los Caballeros Eternos, el Dr. Animo, El'Terhor, Hex, Kevin 11, Clancy y Six Six están ayudándolo por lo que debe detenerlos a todos antes de enfrentarse a su mayor enemigo: Vilgax.