Bebé Bowser vuelve a hacer de las suyas en la Isla de Yoshi y ha capturado el Árbol Super Feliz (Super-Happy-Three).

Así que los seis Yoshis se embarcan en un viaje para llegar al Castillo de Bowser y salvarlo. Deberán superar seis mundos, en donde sólo podrán hacer un nivel cada uno derrotando a una gran variedad de rivales y superando niveles coloridos.