Command & Conquer cuenta con dos sub-tramas basadas en las dos facciones jugables del juego, que combina en una sola historia general, ambos compiten por el control de Tiberium, una sustancia alienígena muy tóxica pero extremadamente valioso. Al mando de las tropas de la Iniciativa Global de Defensa, el jugador se convierte en un papel decisivo en la eliminación de las fuerzas europeas de Nod.

Bajo el mando del general Mark Jamison Sheppard, el jugador completará las misiones que van desde asegurar una playa, para rescatar a los civiles y científicos, a la defensa de bases de GDI de asaltos Nod. Los combate ocurren en los países de Europa Central y Oriental.