Un árbol extraño de superhojas (estas hojas son marrones como si estuviesen mordidas y además tienen cola) es muy querido por todo el Reino Champiñón. Una noche, una Tormenta violenta asoma por el Reino Champiñón, en el cual Mario y todos los Toads del reino se quedan por varias noches a dormir con la Princesa Peach.

La Princesa Peach preocupada por el árbol, sale a ver cómo está, donde después se oye una risa maléfica de Bowser. Al día siguiente, las superhojas del árbol no están y la Princesa Peach no regresaba aún, y en eso Mario y tres Toads de colores Rojo, Amarillo y Azul ven una carta donde aparece la imagen de Bowser que tenía secuestrada a la Princesa Peach y a las superhojas. Mario se ve en la misión de rescatar a la Princesa Peach del malvado Bowser atravesando distintos mundos, ahora con la ayuda de las superhojas hasta llegar al Castillo de Bowser.