Cuando Luigi abre accidentalmente un misterioso libro escondido en el Castillo de Peach, obtiene más de lo que esperaba cuando los personajes del universo de Paper Mario se derraman de las páginas y comienzan a correr locos.

Toma el control del fantástico trío de Mario, Luigi y Paper Mario para derrotar a Bowser y Paper Bowser y devolver a los personajes de Paper Mario a su mundo original.