El Dr. Eggman ha aprovechado el poder de seis criaturas amenazantes conocidas como Deadly Six, pero cuando los Deadly Six se levantan contra su maestro, Sonic tiene que unirse con su archienemigo para enfrentarse a los nuevos enemigos cara a cara.

Utilizando sus nuevos y dinámicos movimientos de parkour y sus poderes de color mejorados, Sonic debe correr, saltar y correr a través de una variedad de terrenos en constante cambio para derrotar a los Deadly Six.