¡Siempre hay algún alboroto en el Reino Champiñón! Justo en el momento en el que Mario y Luigi deciden emprender el vuelo y buscar monedas por los cielos, su amada Princesa Peach, es nuevamente secuestrada por los malvados Koopalines.

Los hermanos tendrán que avanzar a través de más de 80 niveles para rescatarla. A su paso, podrán conseguir un sinfín de monedas por tierra, mar, nieve y aire.