El Doctor Robotnik ha tomado el control del Monte Mobius y lo ha vuelto una base mecánica. Usando energía producida por el magma que fluye bajo el volcán, esta nueva monstruosidad (la Veg-O-Fortress) tiene el poder de transformar animales indefensos en esclavos robóticos a una velocidad asombrosa.

Sonic y Miles "Tails" Prower vuelan a la escena, pero Sonic es derribado de las alas del avión de un disparo de la fortaleza. Cae al agua, pero es rescatado y llevado a los niveles subterráneos de la Veg-O-Fortress. La fortaleza debe ser destruida desde adentro, y la única manera de que eso ocurra es desencadenar una erupción en el volcán sobre el que está construida. Sonic sabe que esto se puede hacer quitando las Esmeraldas del Caos que estabilizan el volcán; Robotnik, sin embargo, lo sabe también y ha construido un elaborado Sistema de Defensa Pinball para asegurarse de que las Esmeraldas no puedan ser sustraídas.