En esta ocasión Sonic descubre en sus aventuras una isla llamada Isla del Oeste. Una isla pequeña con extensos terrenos verdes en toda su superficie y con una leyenda oculta que menciona a siete esmeraldas misteriosas que otorga un poder inmenso a quien las posea. 

Sonic nota que alguien lo sigue, un pequeño zorro llamado Tails se une a la aventura con el erizo por la isla. Mientras tanto el Dr. Robotnik "Eggman" se entera de las esmeraldas y va en busca de ellas a la isla... una enorme explosión desde el bosque alerta a Sonic y Tails de la llegada del malvado científico loco.