Ha pasado aproximadamente un mes desde el encuentro de Lan y Megaman con el nefasto Net Mafia Gospel, y un nuevo semestre en la escuela está a punto de comenzar. Cuando Lan y sus compañeros de clase son invitados a las aparentemente inocentes semifinales de batallas en línea en ACDC Square, ¡no saben que un nuevo e increíblemente malvado plan está a punto de tramarse!

Ahora, cuenta con una nueva mecánica jugable en la que podrás crear tu propio Megaman con segmentos de código que vayas reuniendo a lo largo del juego. Pero ten cuidado: si lo haces mal, puedes obtener un programa con errores. Además de programar tu propio Megaman, aún puedes cambiar los estilos de batalla de Megaman (como en Battle Network 2). El resultado final es el mejor sistema de creación de personajes en una consola portátil.