La historia cuenta la vida de Violet, Klaus y Sunny Baudelaire, cuyos padres mueren en un incendio. Poco después, son enviados a vivir con su siniestro tío, el Conde Olaf, en una mansión cavernosa.

Ahora deberás ayudar a los huérfanos Baudelaire usando sus habilidades especiales para viajar a través de 15 misiones, desde las profundas catacumbas debajo de la mansión de Olaf hasta las sombrías orillas del lago Lachrymose. Recoge artículos para el hogar y móntalos en artilugios para resolver acertijos y combatir. Empuña esos objetos para luchar contra los secuaces de Olaf.